Генерал занялся совершенствованием методов и средств обороны крепостей. В 1849 году его, как человека с безупречной репутацией, назначили председателем комиссии по расследованию дела о краже казённых и частных денег, в которой был замешан генерал-лейтенант Шварц. Генералы тогда тоже воровали. Только он приступил к работе, как получил приказание быстро свернуть расследование и ехать в действующую армию, занятую подавлением венгерского восстания. Как ни торопился Карл Андреевич, но выполнить «интернациональный долг» он не успел. Восстание подавили без него. По приезде Шильдера назначили начальником инженеров действующей армии. Несколько лет он укреплял крепости западного края, пока в 1853 году не началась Восточная война.
Его направили на Дунай, где Шильдер со свойственной ему энергией принялся возводить укрепления. Благодаря построенной по его указаниям переправе через Дунай, удалось успешно доставить русские войска на противоположный берег, за что был награждён орденом св. Александра Невского с алмазными украшениями.
Воодушевлённый наградой, Карл Андреевич принялся готовить осаду Силистрии. Осадные и минные работы шли успешно. 1 июня, после очередного осмотра выполненных работ, он, усталый, всё-таки шёл 68-й год, присел отдохнуть. Разорвавшаяся в этот момент турецкая граната раздробила ему ступню всё той же ноги, которая была ранена пулей в 1831 году. Несмотря на мучения, причинявшиеся раной, генерал держался с исключительным мужеством. Выдержал он и пытку ампутации. Наркоз уже был изобретён к тому времени, Н. Пирогов, прежде чем попасть в Севастополь, широко применял его на Кавказе. Но мы не знаем, кто и как оперировал Шильдера.
Достоверно известно только одно: 10 июня Карл Андреевич понял, что дела его плохи и потребовал священника, причастился, а на следующий день скончался. Он прожил жизнь настоящего воина и погиб на войне. Жаль, что этот разносторонне талантливый человек, выдающийся военный инженер своего времени, сделавший много открытий, нашедших практическое применение в инженерных войсках, остался в истории, лишь как изобретатель подводной лодки, больше похожей на курьёз.
Конец