Сначала служба проходила на канонерских лодках, затем на фрегате «Севастополь». Как и положено, молодого офицера гоняли в хвост и в гриву, чтобы служба медом не казалась, но он служил легко и с удовольствием.

От революционных идей не осталось и следа, но некоторые бывшие «китоловы», не отказавшиеся от своих планов изменить общество, напомнили ему о себе.

Им понадобилось срочно вывезти нелегальную литературу с конспиративной квартиры. Сделать это сами они не могли ввиду явной слежки. Памятуя порядочность Миклухи, обратились к нему за помощью.

Тот не отказал и выполнил все, о чем его просили. Больше связей с революционерами он не имел. Оба брата оставили все юношеские романтические идеи о перестройке мира и занялись выполнением своих собственных планов, один – путешествиями, другой – службой.

Через год Владимира перевели в Гидрографический департамент. Пока брат путешествовал по далеким тропическим морям, Владимир занимался гидрографическими работами на родных Онежском и Ладожском озерах.

Это была хорошая практика. Моряки знают, как коварна Ладога и как сложно плавать по огромному озеру. Убедившись, что офицер отошел от прежних политических убеждений, начальство перевело его на Черное море.

Время было тревожным. Отношения с Турцией были практически прерваны. В 1877 году вспыхнула война. Россия оказалась в морском отношении совершенно неготовой к войне.

Черноморский флот, погибший в Крымскую войну, по Парижскому договору не подлежал восстановлению. Поэтому воевать с турками на море пришлось не на боевых кораблях, а на всем, что могло плавать.

 Миклуха на пароходе «Аргонавт», наспех переделанном подо что-то военное, ходил на разведку к вражеским берегам. Несколько раз «Аргонавт» обстреливали и преследовали турецкие броненосцы.

Спасались благодаря резвости хода и плохой подготовке турецких артиллеристов. На пароходе «Владимир» он участвовал в перевозке больных и раненых из Гудаута в Новороссийск. Каким-то образом проскочили мимо турецких крейсеров.

В 1878 году Миклуха получил первую награду на участие в войне – медаль, а затем и орден.